病気の進行ぐあい，全身状態，心臓・肺機能などによって治療が異なります。
0期
粘膜にとどまるがんでは、食道を温存できる内視鏡的粘膜切除術が可能です．切除した組織でがん細胞の拡がりを調べることができないため，レーザー治療は標準治療ではありません．がんの範囲が広いために内視鏡的に切除できない場合には，手術治療や化学放射線療法も検討されます。
I期
外科療法が標準治療です．化学放射線療法により，手術をせずに臓器を温存しつつ手術と同等の治癒率が得られるという報告も出てきました．
しかし，化学放射線療法では副作用は放射線療法のみに比べると強くなるので，体力が十分でない場合は放射線療法のみが望ましい場合もあります。
II期 III期
外科療法が標準治療です．再発・転移の防止のために手術前後に化学療法または化学放射線療法を行うこともあります．一方、治療前の検討で体力が手術に耐えられないと判断された場合には，化学放射線療法や放射線療法が選択されます．
IV期
通常，IV期では手術を行うことはなく，化学療法や化学放射線療法が行われます．がんの著明な縮小を認めることもありますが，すべてのがんを消失させることは困難です．全身状態が不良な場合には化学療法ができないことがあります．また，がんによる食道の狭窄により通過障害があるときなどは，症状に応じて放射線療法も行われます。
IV期ではがんによる痛みや呼吸困難などの症状を緩和するための治療が重要になります．症状緩和の治療技術はかなり進歩してきており，多くの症状を軽減することが可能となっています。
